PCI Express平台中主要有四种PCI Express设备：根复合体、交换开关、端点和桥。在PCI Express/PCI桥下的PCI总线上可挂传统的PCI设备。给出了一个PCIExpress系统拓扑的例子。

在根复合体中，存储器控制器用来挂接系统存储器，即主存；初始化模块、中断控制器和电源管理/热插拔控制器用来在CPU与PCI Express线路结构间传递信息、报告状态；根复合体寄存器块（RootComplexRegisterBlock，RCRB）是根复合体自身的、类似PCI的配置空间｡

Host总线通过Host/PCI桥引出一条虚拟PCI总线，该总线与根复合体各个下游端口下方的PCI Express链路（也视为一条总线）之间是一个虚拟PCI-PCI桥(记为P2P)，此例中，根复合体有两个下游端口，故根复合体内有两个虚拟PCI-PCI桥｡

根复合体的下游端口上可挂连交换开关，也可直接挂连端点设备，此例中，根复合体两个下游端口的链路上都挂连交换开关，左边交换开关有两个下游端口，右边交换开关有三个下游端口。交换开关的结构与根复合体类似，内部有一条虚拟PCI总线，上游链路（总线）与该总线之间、该总线与下游链路（总线）之间均用虚拟PCI-PCI桥相连。

交换开关的下游链路上挂连PCI Express端点或PCI Express-PCI桥。与PCI系统一样，PCI Express端点设备内可以有一个或多个功能，最多为8个功能，功能号0~7。单功能设备中仅有的一个功能编号为0（功能0）；多功能设备中第一个功能必须为功能0，其余功能不要求按序排号。每功能有自己的一套配置寄存器。

虚拟PCI2PCI桥内的配置空间与PCI系统中的PCI2PCI桥一样，桥上游端的总线称为桥的原级总线，下游端的总线称为桥的次级总线，次级总线以下到下游分支最远的总线称为桥的下属总线。

每当系统加电时，配置软件需要扫描PCI Express线路结构，以了解其拓扑结构，称为枚举过程。在枚举之前，配置软件根据规定只知道Host-PCI桥在根复合体中，以及Host-PCI桥的次级总线为总线0。配置软件从搜索总线0上设备0中的功能0开始，沿纵向、按分支，探查发现所有的桥、桥下总线、总线上的设备及设备内的功能（二叉树的深度优先搜索算法），按序将它们编号，并填充桥的原级、次级和下属总线号寄存器。在一条PCI Express链路上仅挂一个设备，总是视为设备0。

图中标出了本例枚举后各总线、设备及功能的编号，可以看出，系统中每一个设备功能都有自己的设备ID（总线号、设备号、功能号）。